Marilyn Manson est perçu par le grand public comme un artiste dérangeant et provocateur. En effet, il déchaîne souvent les passions et semble travailler à ne pas inspirer d'indifférence. Les gens offensés par les paroles de Manson l'accusent de corrompre la jeunesse. Dans de nombreuses villes nord-américaines, protestations et pétitions l'ont empêché de se produire sur scène. Après le massacre de Columbine, beaucoup ont affirmé que c'était sa musique (avec d'autres du même style « gothique ») qui avait influencé Eric Harris et Dylan Klebold avant leurs meurtres, ceci bien qu'Harris et Klebold n'aimaient pas la musique de Manson. Dans le film/documentaire Bowling for Columbine, Michael Moore, le réalisateur, a donné la parole au chanteur au sujet de cette tragédie. Lorsqu'on lui demandait ce qu'il aurait dit aux deux tueurs avant leur crime s'il avait pu les rencontrer, Manson répondit « Je n'aurais rien dit ; je les aurais écoutés, ce que personne n'a fait. »
Très marqué dans son enfance par une éducation religieuse très stricte, le chanteur a construit son identité de scène dans la contestation de l'Amérique puritaine et du dogme chrétien. Ses premiers spectacles étaient d'une extrême provocation idéologique et religieuse.
Quand Manson fut nommé Révérend de l'Église de Satan par Anton Lavey, son fondateur, il s'est attiré les foudres de certains croyants et puritains : interdiction de faire ses représentations dans certaines villes des États-Unis et du monde, militants religieux priant pour sa rédemption devant ses concerts, tracts, procès, etc.
Le groupe s'est formé en 1989 et a changé de formation plusieurs fois. Tous les noms des membres du groupe originel ont été formés à partir du prénom d'une icône féminine américaine et du nom d'un tueur en série (règle non-respectée avec l'arrivée de Zim Zum en 1996, de John 5 en 1998 et de Tim Skold, qui a préféré garder son vrai nom). Ainsi, le nom de Marilyn Manson est une référence à Marilyn Monroe et à Charles Manson. Cette dualité belle/bête mise en évidence dans la construction des noms de scènes des membres a une signification forte dans la thématique du groupe Marilyn Manson, qui aime jouer sur la réconciliation des contradictions. En effet, Marilyn Manson cherche à concilier les deux opposés (le Bien et le Mal, l'ange et le démon) présents en chaque homme. Aussi, l'esthétique du groupe accentue-t-elle d'autant plus cette thématique : Manson, de même que l'ancien bassiste Twiggy Ramirez, ont cultivé leur allure androgyne de manière ostentatoire afin de provoquer un sentiment mêlé de peur et de désir.


